TFF 2. Lig Yükselme ve Klasman Grupları'nın kura çekimi Ataköy Olimpiyat Evi'nde yapıldı. Kura çekimine, Türkiye Futbol Federasyonu Genel Sekreteri Metin Kazancıoğlu, Genel Sekreter Vekili Gıyasettin Şenman ve Profesyonel Maç Organizasyon Müdürü Ufuk Şepik ile kulüplerin başkan ve yöneticileri katıldı.

Yükselme Grubu ve 9 takımlı 1, 2, 3 ve 4. klasman gruplarında 17-18 Ocak tarihlerinde, 8 takımlı 5. Klasman Grubu'nda ise 14-15 Şubat tarihlerinde başlayacak. Yükselme ve Klasman Grupları'nda müsabakalar 17 Mayıs 2009'da sona erecek. 

Yükselme Grubu'nda yer alan takımlar sıfır puandan başlarken, klasman gruplarındaki takımlar ise kademe gruplarında aldıkları puanlarla devam edecek. Yükselme Grubu müsabakaları sonunda birinci ve ikinci sırada yer alan iki takım direkt olarak Bank Asya 1. Lig'e yükselecek. Yükselme Grubu'nu 3, 4 ve 5. sırada tamamlayan 3 takım ile Klasman müsabakaları sonunda gruplarında ilk sırayı alan 5 takımın katılımı (toplam 8 takım) ile oynanacak eleme maçları sonunda bir takım daha Bank Asya 1.Lig'e yükselmeye hak kazanacak. Klasman Grubu karşılaşmaları sonunda gruplarında son üç sırayı alan toplam 15 (on beş) takım TFF 3. Lig'e düşecek.